从秧苗期到抽穗期均可发病。苗期发病，感病重的稻种多不发芽或发芽后不久即死亡；感病轻的种子发芽后，植株细高，叶狭窄，根少，全株淡黄绿色，一般高出健苗1/3左右，部分病苗移栽前后死亡。枯死苗上有淡红色或白色霉状物。本田内病株表现为拔节早，节间长，茎秆细高，少分蘖，节部弯曲变褐，有不定根。剖开病茎，内有白色菌丝。
早期发生恶苗病，植株出现徒长，株高相较于普通植株高1/3以上，不分蘖，部分病株在移栽前枯死，在枯死苗上有淡红色或白色霉粉状物，这个就是病原菌的分生孢子。大田发病多为徒长型，也有普通型和早穗型，徒长型也是比普通植株高，下部茎节倒生不定根，后期逐渐枯死。植株发病轻时，提早抽穗，穗子小、籽粒少。
水稻恶苗病又称徒长病，全国各稻区均有发生。病谷粒播后常不发芽或不能出土。苗期发病病苗比健苗细高，叶片叶鞘细长，叶色淡黄，根系发育不良，部分病苗在移栽前死亡。在枯死苗上有淡红或白色霉粉状物，即病原菌的分生孢子。本田发病节间明显伸长，节部常有弯曲露于叶鞘外，下部茎节逆生多数不定须根，分蘖少或不分蘖。剥开叶鞘，茎秆上有暗褐条斑，剖开病茎可见白色蛛丝状菌丝，以后植株逐渐枯死。湿度大时，枯死病株表面长满淡褐色或白色粉霉状物，后期生黑色小点即病菌囊壳。病轻的提早抽穗，穗形小而不实。抽穗期谷粒也可受害，严重的变褐，不能结实，颖壳夹缝处生淡红色霉，病轻不表现症状，但内部已有菌丝潜伏。