恶苗病的发生与温度有关。水稻催芽和苗期温度过高，超过30℃，有利于恶苗病的发生。当土温在30-35℃时，适宜幼苗发病。土温在25℃以下，植株感病后，不表现症状。移栽时，高温或中午阳光猛烈，发病多。恶苗病的发生与播量及秧苗的机械损伤有关。伤口是病菌侵染重要途径，种子受机械损伤或秧苗根部受伤，多易发病。播量过大，秧伤根，导致水稻生长衰竭,降低抗病力，为水稻恶苗病的发生提供了条件。水稻恶苗病的发生与浸种药剂消毒有关。由于长期使用咪鲜胺氰烯菌酯等药剂浸种消毒，病原菌产生抗药性，防效下降。一般旱秧比水秧发病重。中午移栽比早晚或雨天移栽发病多；增施氮肥有刺激病性发展趋势。
水稻感染了赤霉菌后分泌赤霉素，产生恶苗病。
温度超过30度，有利于恶苗病的发生，当土温在30至35度时，适宜幼苗发病。