由于转基因大豆，培育目的是抗虫，抗药，所以分辨方法应该从这一特点出发。非转基因大豆，如果保存不善容易生虫，而转基因的大豆通常形态整洁，几乎看不到任何虫蛀痕迹。
1.看外形，转基因黄豆形状基本呈现正圆形，非转基因黄豆大多是椭圆形或者扁圆型。2.看肚脐，转基因黄豆颜色与豆子本身一样，没有异色肚脐，转基因黄豆也有肚脐，但是肚脐不明显。3.看大小，转基因黄豆，由于非自然形成，所以大小基本一致。
看形状，非转基因大豆的形壮是椭圆形的，有点扁。而转基因大豆的形状悬滚圆形的。
当用水浸泡大豆时，非转基因大豆用水泡几天后就会发芽，而转基因大豆就不会了。