在小麦播种前对种子进行药剂拌种。
于黑穗病是种传病害，带菌种子是来年发生危害的主要来源，坚决杜绝发病田块留种，要严禁发病区域小麦留种和带病种子下田，同时要做好轮作倒茬和种子处理。以确保种子质量，杜绝病害来年再次发生。
首先要选择抗病品种，其次要药剂拌种，第三是喷洒杀菌剂。
小麦黑穗病可用40%五氯硝基苯按麦种重量的0.5%的药量干拌（即每亩40克，拌小麦8公斤左右）防治；也可选择6%戊唑醇（立克秀）悬浮剂一袋（10毫升），加水0.8-1斤，拌种50-70斤，或2.5%氟咯菌腈（适乐时）。
选择品种很重要，选择抗病品种同时种子药剂拌种很有效预防黑穗病。