黑穗病是花器侵染病害，一年只侵染一次。带菌种子是病害传播的唯一途径。病菌以菌丝潜伏在种子胚内，外表不显症。当带菌种子萌发时，潜付的菌丝也开始萌发，随小麦生长发育经生长点向上发展，侵入穗原基。
病症主要有穗部，一般病株较矮，分蘖较多，病穗稍短且直，颜色较深，初为灰绿，后为灰黄。颖壳麦芒外张，露出部分病粒（菌瘿）。病粒较健粒短粗，初为暗绿，后变灰黑，包外一层灰包膜，内部充满黑色粉末（病菌厚垣孢子），破裂散出含有三甲胺鱼腥味的气体，故称腥黑穗病。
小麦腥黑穗病是系统侵染病害，病菌侵入小麦幼苗的最适温度为9-12℃，病情轻重受菌源量、土壤温湿度、光照、栽培管理等条件影响。菌量高，发病重；冬麦晚播、春麦早播或播种较深，小麦出土慢，增加病菌侵染机会，发病重；地下害虫发生重的田块，幼苗受虫为害伤口多，利于病菌侵染，发病重。
发病条件病菌以厚垣孢子附在种子外表或混入粪肥、土壤中越冬或越夏。当种子发芽时，厚垣孢子也随即萌发，厚垣孢子先产生先菌丝，其顶端生6—8个线状担孢子，不同性别担孢子在先菌丝上呈H状结合，然后萌发为较细的双核侵染线。从芽鞘侵入麦苗并到达生长点，后以菌丝体形态随小麦而发育，到孕穗期，侵入子房，破坏花器，抽穗时在麦粒内形成菌瘿即病原菌的厚垣孢子。小麦腥黑穗病菌的厚垣孢子能在水中萌发，有机肥浸出液对其萌发有刺激作用。萌发适温16—20℃。病菌侵入麦苗温度5—20℃，最适9—12℃。湿润土壤(土壤持水量40%以下)有利于孢子萌发和侵染。一般播种较深，不利于麦苗出土，增加病菌侵染机会，病害加重发生。
小麦腥黑穗病菌的厚垣孢子能在水中萌发，有机肥浸出液对其萌发有刺激作用。萌发适温16—20℃。病菌侵入麦苗温度5—20℃，适合9—12℃。湿润土壤（土壤持水量40%以下）有利于孢子萌发和侵染。