北方寒冷地区，大葱紫斑病以菌丝体在寄主体内或病残体上越冬。可借气流或雨水传播，从气孔、伤口或表皮侵入，潜育期1-4天。蓟马刺吸的伤口是病原侵入的重要途径，因此，蓟马严重发生的时，可使发病加重。
病菌以分生孢子在葱类植物上辗转传播危害，并无明显越冬期。分生孢子通过气流传播，从伤口、气孔或表皮直接侵入致病。病菌孢子形成、萌发和侵入均需有水滴存在，故温暖多湿的天气和植地环境有利于发病。
病菌以菌丝体在寄主体内、种苗上或随病残体在土中越冬，也可以继续为害贮存的葱。在条件适宜时产生分生孢子，借气流、雨水传播。从寄主的伤口、气孔或表皮侵染所致。温暖、潮湿利于发病，管理粗放、排水不良、阴雨连绵、密度过大、长势衰弱等发病较重。
主要以分生孢子器或子囊壳随病残体在土壤中越冬：翌年借风雨或灌溉水进行传播。从伤口或自然孔口侵入，发病后病部产生分生孢子进行再侵染。此外种子也可带菌，引起叶片发病。气温18—25℃，相对湿度高于85%及土壤含水量高易发病，栽植过密、通风透光差、生长势衰弱的重茬地发病重。南方终年均见为害，多雨高湿季节发病重。北方5-10月均可发生。