水稻恶苗病一般用浸种灵或蓝盾进行浸种消毒效果不错。
水稻恶苗病防治最好先把种子进行包衣，再用浸种药剂进行浸种。
水稻恶苗病用咪鲜胺浸种，预防效果好。
预防恶苗病，种子包衣处理后再㓎种效果好。
水稻选好种子后用米鲜胺或使宝克药剂㓎种可防恶苗病。
（1）建立无病留种田，严格选用无病种子，避免从病区调种。（2）搞好种子消毒。防治水稻恶苗病的浸种药剂有很多，防效也都比较好，包括：85%的强氯精，2.5%或10%的适乐时，25%或45%的施保克，45%的代森铵，10%的浸种灵等。浸种时应注意水温，一般温度要大于15℃。（3）栽培管理上应注意播前催芽时间不能太长，移栽时尽量少伤根，避免在高温和中午插秧等，以减少发病几率。（4）采用一切可能措施减少初侵染源，如及时拔出病苗、病株和处理病稻草，集中烧毁。不露天堆放病稻草或将其及时处理掉等。
1）建立无病留种田，选栽抗病品种，避免种植感病品种。（2）加强栽培管理，催芽不宜过长，拔秧要尽可能避免损根。做到“五不插”：即不插隔夜秧，不插老龄秧，不插深泥秧，不插烈日秧，不插冷水浸的秧。（3）清除病残体，及时拔除病株并销毁，病稻草收获后作燃料或沤制堆肥。（4）种子处理，使用咪鲜胺浸种或氰烯菌酯进行包衣处理。
用次氯酸浸种，防治水稻恶苗病效果很好。
水稻种子㓎种药剂应用几年后产生抗性，必须使用新药剂。