水稻恶苗防治最主要的是选用高产抗病品种和无病种子。在移栽时杜绝带病残体入田，发现病株及时拔除并集中烧毁或深埋，均可减少发病。在挑选种子时，用25%施宝克5000倍液或浸种灵4000倍液浸泡60个小时，再用药剂喷施，能有效地抑制病原侵染。
水稻恶苗病用多菌灵兑水喷雾，效果较好。
水稻恶苗病可以用30%噁霉灵防治！
主要用浸种灵浸种就可以了。
水稻恶苗病可以用30%噁霉灵进行防治。
选择抗病品种、种子消毒杀菌、发病时可用恶霉灵防治。
用多菌灵兑水喷洒效果很好。
搞好田间水份管理，防止蓟马发生，用消毒剂浸种，控制密度！
推行生物农药与高效低毒低残留化学农药交替使用，以减少化学农药使用量，达到绿色无害化生产的目的。
水稻恶苗病可以用4.23%甲霜·种菌唑微乳剂、80%乙蒜素乳油，或把氰烯菌脂、咪鲜胺混配浸泡种子，是控制病害发生的最有效的方法。