咖啡豆从加工方式的区分来看可分为水洗式和干燥式。
水洗式，即将刚收成的果实放入流动的水槽，让果实进行分层，除去浮在水面上的果实之后，以果肉去除机剥除外皮和果肉。再放入水槽，将浮出的果肉去除。之后，移入发酵槽，浸泡半天至一天，再将发酵的咖啡豆表面上的胶质溶掉。再以水洗，晒干或以机器干燥之，最后用脱壳机将内果皮去除，即成为作为商派的生咖啡豆。
水洗式的咖啡豆较以干燥式而得的咖啡豆，色泽较美，且杂志也较少。哥伦比亚、墨西哥、危地马拉等过产量的70%都采用这一方法。
干燥式方法比较简单。首先，将刚摘下的果实广布在晒场上一两个星期，直到果实发出噼叭的声音为止，自然干燥之后，以脱壳机将干掉的果肉、内果皮和银皮去除。
以这种方式精致、、精制而成的咖啡豆，呈微酸而略有苦味。几乎所有的巴西、埃塞俄比亚、也门的咖啡豆采用此法制成。