在西红柿幼果和青果时，脐部形成水渍状，暗绿色病斑，逐渐变成褐色或黑色，病斑扩大至半个果面，病部果肉崩溃收缩。在湿润条件下，因病生菌寄生，而形成黑色或红色霉状物。最初表现为脐部出现水浸状病斑，后逐渐扩大，致使果实顶部凹陷、变褐；在干燥时病部为革质，遇到潮湿条件，表面生出各种霉层，常为白色、粉红色及黑色。这些霉层均为腐生真菌。发病的果实多发生在第1、2穗果实上，这些果实往往长不大，发硬，提早变红。
脐腐病缺钙肥引起，喷施螯合钙硼肥钙补充膨果期。花的未部位及其附近产生水浸状斑，暗绿色，后扩大为暗褐色大斑，有时扩展到半个果实，较坚硬，被害部分外部呈扁平状，表面皱缩，病果一般不腐烂。