带菌种子和病稻草是水稻恶苗病病发生的初侵染源。浸种时带菌种子上的分生孢子污染无病种子而传染。严重的引起苗枯，死苗上产生分生孢子，传播到健苗，引起再侵染。带菌稻秧定植后，菌丝体遇适宜条件可扩展到整株，刺激茎叶徒长。花期病菌传播到花器上，侵入颖片和胚乳内，造成秕谷或畸形，在颖片合缝处产生淡红色粉霉。病菌侵入晚，谷粒虽不显症状，但菌丝已侵入内部使种子带菌。脱粒时与病种子混收，也会使健种子带菌。
主要在秧苗期受到白背飞虱浸害。
水稻恶苗病最主要的初侵染源是带菌种子，其次是病稻草。越冬后使用带菌的种子或稻草，种子萌发后，病菌就从秧苗的芽鞘、根和根冠或伤口侵入，植株伤口有利于病菌侵入，会引起秧苗发病徒长；带病的秧苗移栽后，引起稻苗发病；同时，病株产生的分生孢子借助气流可进行再次侵染，使谷粒和稻草带病菌，形成循环侵染，为害水稻。
做好田间管理及时做好病虫防治。