防治苹果树腐烂病需要从苗期和幼树期开始，保护树体不受病菌侵染；当树体受侵染或发病后，应及时铲除带菌组织，防止病菌生长、繁殖和积累；同时，保持键旺树势，防止潜伏病菌扩展致病。苹果树腐烂病的防治工作应该从以下方面展开：加强园区栽培管理、提高树体抵抗力、适时适量喷药、刮除病部、保持卫生、适时适量施肥灌溉等。
防治苹果腐烂病的关键是：要坚持预防为主，防治结合，全年防治理念。1.施足肥料，合理承载，恢复树势。2.抓住春秋关键时期喷药，选对药，用准药。3.要将刮除的病疤拿出园外焚烧或深埋，病疤口及时用药封口。