发病初期，及时摘除病叶、病果及严重病枝，开始喷施杀菌农药，为防止产生抗药性提高防效，提倡轮换交替或复配使用。每7天喷1次，连喷2～3次。
番茄早疫病防治：①提高温度，降低湿度是防病关键。即棚室内早春栽培采取高畦地膜、小浇水、多中耕松土，提高地温。②门茄和对茄开花期控制浇水，加大通风量，减少结露。③受精完后及早摘除门茄和对茄的花瓣，以防病菌侵染花器。④在门茄和对茄开花期喷洒50%异菌脲可湿性粉剂1500倍液，50%农利灵可湿性粉剂1000倍液，50%速克灵500倍液，50%多菌灵可湿性粉剂600倍液。也可用10%二甲菌核利（速克灵）烟剂在开花前后熏烟，每亩次400克。⑤在门茄对茄开花时在配好的2，4-D或防落素稀释液中加入0.1%的50%农利灵可湿性粉剂，或50%异菌脲，或50%多菌灵混合配药，进行蘸花，具有良好的防落花。
番茄早疫病的防治方法有发病初期及时摘除病叶并用杀菌剂喷雾。