生产上低温缺氧易引致发病，寒流、低温阴雨、秧田水深、有机肥未腐熟等条件有利发病。烂种多由贮藏期受潮、浸种不透、换水不勤、催芽温度过高或长时间过低所致。烂芽多因秧田水深缺氧或暴热、高温烫芽等引发。青、黄苗枯一般是由于在三叶左右缺水而造成的，如遇低温袭击，或冷后暴晴则加快秧苗死亡。
水稻烂秧可分为生理性和传染性烂秧两大类。前者是指不良环境影响（一是浸种时换水不勤，种子中毒；二是催芽时温度过高）所造成的烂种、烂芽和死苗；后者是指秧苗在低温侵袭（育秧时温差过大）下导致生机衰弱，被弱寄生真菌乘虚而入所造成的烂种、死苗。