甲霜灵恶霉灵是辣椒疫病防治的好药。发现中心病株(发病初期)开始施药,可选用50%甲霜铜可湿性粉剂600倍液,或用58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂600倍液,或77%可杀得可湿性粉剂400倍液,或72%克露可湿性粉剂500倍液,或40%霜疫灵可湿性粉剂200倍液;大棚可选用烟雾法或粉尘法,即45%百菌清烟雾剂667平方米(1亩)用量250-300克。喷药间隔7-10天,连续2-3次,尤其在5-6月份雨后天晴时注意及时喷药,防治效果更好。甲霜灵是辣椒疫病防治最好的药物。发病初期可喷雾苯甲.嘧菌酯或57%烯酰吗啉.丙森锌水分散剂对病株及田间植株进行喷施,7天一次,连续2次。
在化学防治上，定植前要搞好土壤消毒，结合翻耕，喷洒新高脂膜800倍液杀灭土壤中残留病菌。定植后，适时喷洒护树将军1000倍液进行保护，防止发病。如果已经开始发病可选用以下药剂：70%甲霜灵锰锌或70%乙磷铝锰锌500倍液，25%瑞毒霉600倍+85%乙磷铝500倍液，75%百菌清800倍液等。以上药液需交替使用，以便提高药效，增强植株的抗逆性能，提高防治效果。
合理轮作，清除田间病残体，选用抗病品种，培育无病壮苗，合理密植，科学运用肥水，设施栽培合理调节温度湿度，增加光照，发病初期选择银法利、乙磷铝锰锌、甲霜锰锌等药剂交替用药喷雾防治。
种植辣椒需要防治疫病，应进行轮作，并做好土壤消毒，合理使用植株生长剂，提高抗病力。在发病后采用乙磷铝锰锌或瑞毒霉、乙磷铝、百菌清、甲霜灵锰锌等药剂进行喷施，并注意交替用药，加强药效。
加强田间肥水管理：采用高畦深沟种植，田间挖好排水沟，防止雨季积水。合理增施磷钾肥及叶面肥，促进植株健壮生长，提高抵抗力。保持田间良好的通风透气条件，保持土壤和田间适度干湿条件，以造成不利病虫生长发育的环境条件，减少病虫害的发生。
辣椒疫病的防治方法主要以农业防治和化学防治为主。首先选用抗病品种，实行轮作、深翻改土，对土壤、种子进行处理，加强管理，清除病株；再结合化学药剂进行防治。
疫病是辣椒种植过程中比较常见的一种病害，为避免疫病对辣椒的正常生长造成影响，可以采取如下防治措施：通过轮作的方式，减少土壤中残留的病菌数量，降低病害的发生几率;对种植土进行定期深翻，合理施肥为土壤补充缺失的养分;选择抗疫病能力比较强的辣椒品种，并在种植前进行消毒处理，培育无菌幼苗，定植当天喷施保护药剂，避免疫病的发生，通过高温对土壤残留的病菌进行灭杀。
实行轮作、深翻改土，结合深翻，土壤喷施免深耕调理剂，增施有机肥料、磷钾肥和微肥，适量施用氮肥，改善土壤结构，提高保肥保水性能，促进根系发达，植株健壮。
防治的关键是防治时间。一定要在发病的初期防治：如果是本身田块土壤引起的，首先在出现中心病株（多数小苗期的病斑在植株与土壤交界的茎基部）时立即喷药防治；如果是通过雨水传播引起的一般呈现普遍发病且病斑多在上部的叶和分叉处的茎，因此防治的时间要掌握在雨后立即喷药。
实行轮作、深翻改土，结合深翻，土壤喷施免深耕调理剂，增施有机肥料、磷钾肥和微肥，适量施用氮肥，改善土壤结构，提高保肥保水性能；选用抗病品种，种子严格消毒，培育无菌壮苗;定植前7天和当天，分别细致喷洒两次植物生长调节剂和保护剂；栽植前实行火烧土壤、高温焖室，铲除室内残留病菌，栽植以后，严格实行封闭型管理，防止外来病菌侵入和互相传播病害。