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谷锈病应采取以抗病品种为主的综合措施。目前已有一批抗病性较好的品种，可供选用。引进的品种在大面积种植前，应行抗病性鉴定或试种。还应加强栽培管理，适期播种，合理密植，施用氮肥不要过多、过晚，防止植株贪青晚熟;要合理排灌，低洼地雨后及时排水，降低田间湿度。感病品种在气候适宜谷子锈病流行的年份应行药剂防治。
谷锈病用粉锈宁或戊唑醇防治效果好。
选用抗病品种，加强田间管理，配合化学防治。
