当种子萌发后，病菌先侵染芽鞘，后蔓延至幼苗，病部长出的分生孢子，可经风雨传播，进行再侵染，使病情加重。
一般过早或过晚播种、田间管理粗放、田间杂草多、地下害虫危害重、瘠薄地或遭受不良环境影响，均会不同程度地诱发该病。麦苗受冻易诱发根腐病；小麦抽穗后遇持续高温多雨天气，病害程度明显加重，种子感病率高。根腐病往往和纹枯病、叶枯病等交织发生，加重对小麦的危害。
小麦根腐病是由种子或土壤中的病菌侵害而引起的。小麦根腐病发病轻重决定于气候、植株生育状况，与冻害有密切关系。春季返青后，如突遇降温、晚霜等倒春寒，可引起麦苗受冻，生长衰弱，病菌易于侵人，病性发生重。