水稻纹枯病的防治方法有农业防治，药物防治。
在分蘖期，当发现病丛率达到5%～10%时即可开始用药防治。大胎孕穗期和抽穗期病情发展迅速，必须加强防治，控制病害发展，常规用药可选用井岗霉素粉剂、苯甲丙环唑乳油、已唑醇悬浮剂等农药兑水喷雾，每次施药必须连续使用2次，第1次施药后隔7天左右再施第2次药，从而才能取得良好的防治效果。此外，施药时注意兑水多一点，药水足才能有足量的药液喷到植株中下部，提高防治效果。
可选用井冈霉素、甲基硫菌灵等进行防治。
加强栽培管理，施足基肥，追肥早施，不可偏施氮肥，增施磷钾肥，采用配方施肥技术，使水稻前期不披叶，中期不徒长，后期不贪青。灌水做到分蘖浅水、够苗露田、晒田促根、肥田重晒、瘦田轻晒、长穗湿润、不早断水、防止早衰，要掌握“前浅、中晒、后湿润”的原则。