本病的潜伏期一般为11～16天，最短的潜伏期为3～5天，最长可达1个月以上。主要临床症状为咳嗽和气喘，根据发病过程，大致可分为急性、慢性和隐性3个类型。
病猪仅表现出咳嗽，发病严重的病猪为痉挛性咳嗽，咳嗽时，病猪弓背伸脖，头部向下。在其呼吸道内有大量的分泌物，病猪还会出现流鼻涕，病程较长的病猪会逐渐的消瘦。
呼吸急促且呼吸次数增加、张口呼吸或将嘴支于地面而喘息、咳嗽次数少、呈犬坐姿势、体温升高、食欲低、腹泻；并有继发病的相应症状。
猪支原体肺炎是一种发病率高、死亡率低的慢性传染病。慢性干咳、呈犬坐姿势是患病母猪和育肥猪较为典型的临床特征，在争食或受到驱赶剧烈奔跑后表现更为明显，每天早晨和晚上咳嗽次数较多，也有部分发病猪不咳嗽。长期感染本病的猪容易成为生长迟缓的僵猪。