幼苗发病初期，在地表或近地表的叶鞘上先产生淡黄色小斑点，后呈典型的黄褐色梭形或眼点状病斑，严重病株基部茎节腐烂，病苗枯死；小麦拔节后在茎基部叶鞘上形成中间灰色、边缘棕褐色的云纹状病斑，病斑融合后，茎基部呈云纹花秆状；后期病斑侵入茎壁后，形成中间灰褐色、四周褐色的近圆形或椭圆形眼斑，造成茎壁失水坏死，后病株枯死，形成枯株白穗。
小麦受纹枯菌侵染后，在各生育阶段出现烂芽、病苗枯死、花秆烂茎、枯株白穗等症状。烂芽芽鞘褐变，后芽枯死腐烂，不能出土；病苗枯死发生在3—4叶期，初仅第一叶鞘上现中间灰色，四周褐色的病斑，后因抽不出新叶而致病苗枯死；花秆烂茎拔节后在基部叶鞘上形成中间灰色，边缘浅褐色的云纹状病斑，病斑融合后，茎基部呈云纹花秆状；枯株白穗病斑侵入茎壁后，形成中间灰褐色，四周褐色的近圆形或椭圆形眼斑，造成茎壁失水坏死，最后病株因养分、水分供不应求而枯死，形成枯株白穗。
小麦受纹枯菌侵染后，在各生育阶段出现烂芽、病苗枯死、花秆烂茎、枯株白穗等症状。
小麦不同生育期都可受到纹枯病的侵染，病状主要发生于叶鞘和茎秆上，叶鞘上病斑梭形，纵裂，病斑扩大连片形成烂茎。由于花秆烂茎抽不出穗而形成枯孕穗或抽后形成白穗，结实少，子粒秕瘦。
在小麦茎基部1~3节的叶鞘上形成椭圆形云纹状褐色病斑，重时茎秆上产生褐色坏死眼斑。抽穗期在叶鞘上有时形成大量萝卜籽状的菌核。