玉米苗变红的原因可能是植株缺磷、田间积水、地下害虫为害、温度过低、受到药害等。
植株缺磷：土壤缺磷无法满足幼苗生长需要，导致根系发育受阻，幼苗体内的含磷量逐渐降低，因此叶片会逐渐变为红色或紫色。
田间积水：土壤湿度大不利于根系的呼吸和代谢作用，此时植株会由于营养不良而发红、发紫。
温度过低：幼苗因受到冷害（一般是倒春寒），导致全株发红。
一、玉米苗变红的原因
1、植株缺磷
土壤中缺磷，满足不了玉米苗期的生长需要，根系生长发育受阻，幼苗生长缓慢。因为幼苗体内磷的含量逐渐降低，故叶片由暗绿变红或紫色。
2、田间积水
田间排水不良，土壤湿度大，影响了根系的呼吸、代谢作用，根系的生长受阻，导致植株营养不良而发红、紫。
3、地下害虫为害
幼苗根系被地下害虫咬伤（比如金针虫），吸水、吸肥能力变弱，导致幼苗变弱，形成红苗。
4、温度过低
在东北地区或黄淮海春播玉米，玉米种植较早，在早春因“倒春寒”产生冷害，会造成玉米苗全株发红。此种情况，随着温度的升高，红苗现象会逐渐缓解，后期消失。
5、受到药害
药害、虫害等引起玉米苗体内糖代谢受阻、产生大量的花青素苷，形成紫红色苗。若大面积发生，须及时向当地农业部门的专家咨询，查明原因后，可有针对性地进行补救。
6、其它原因
土壤过于粘重，播种过深或浅，以及施肥不当引起“烧苗”，药剂处理不当引进幼苗中毒等都会导致“红苗”。
二、秸秆还田后为何会导致玉米苗变黄
1、发生原因
（1）秸秆切得不够细碎，翻压和整地质量不高，使种子悬空，不可得到足够的水分和养分。
（2）施肥不合理，没有额外加施氮肥，或者选用的复合肥氮养分比例较低。
（3）土壤墒情不足，使得秸秆腐烂时，微生物与幼苗争夺水分。
2、幼苗发紫原因
（1）玉米苗发紫可能是缺磷造成，可适当追施磷肥，如过磷酸钙，或者喷打叶面肥，如磷酸二氢钾。
（2）也可能是土壤中有积水，土壤通透性差，玉米根系没有办法进行呼吸作用造成，此时需及时排水，同时注意划锄，防止出现土壤板结的现象。
（3）还有可能是温度过低造成，可在温度较低时搭建棚膜覆盖保温。